Pemantauan kualitas air merupakan bagian penting untuk melihat informasi atau gambaran kualitas air di suatu wilayah kabupaten/kota. Pengambilan sampel kualitas air sungai, air sumur, serta mata air dilaksanakan oleh Dinas Lingkungan Hidup Kota Magelang setahun 2x, sedangkan pengujian sampel dilakukan oleh Laboratorium Penguji, Persada Laboraroty.
Pemantauan kualitas air sungai oleh DLH Kota Magelang meliputi :
Masing-masing sungai disampling 3 titik mewakili hulu, tengah, dan hilir.
Pemantauan kualitas air sumur oleh DLH Kota Magelang meliputi :
Pemantauan kualitas air meliputi kegiatan pengambilan sampel dan pengamatan kondisi sekitar sungai. Sampel selanjutnya akan diuji di laboratorium untuk mengetahui nilai per parameternya. Jumlah parameter yang diuji sekurang-kurangnya 24 parameter, dengan jenis parameter mengacu pada Peraturan Pemerintah Nomor 82 Tahun 2001 tentang Pengelolaan Kualitas Air dan Pengendalian Pencemaran Air.